农业防治是基础，生产上大量利用各种农业措施，可达到较好防治效果。
及时清园，清除病原褐斑病菌系兼性寄生菌，既可寄生也可腐生，生存能力很强，遗留在田间病残体上越冬，翌春条件适宜时，分生孢子或新产生的分生孢子借气流传播蔓延，进行初侵染和再侵染。因此，要搞好橘园卫生，及时清除落叶、落果，集中处理。在冬季管理中，先修剪，后清园，再对树体喷石硫合剂等消毒。
清沟排水，降低湿度研究表明，湿度是影响该病发生、流行的主要因子，该病的发生与橘园的空气湿度呈正相关。密度过高、树冠郁闭、杂草丛生、树势较弱、地势低洼、地下水位高、排灌不良的橘园，发病重。要注重清沟排水，修整沟渠，降低地下水位和果园湿度。
合理修剪，通风透光栽植密度大、通风透光差、小气候潮湿，有利于孢子的产生、萌发和侵染，发病严重。因而要注意修剪，开天窗，透光亮膛，剪除病虫枝和枯枝，间伐过密树，增强橘园通透性，减少病菌侵染幼嫩组织的机会。
合理施肥施肥不当、偏施氮肥的橘园，发病较重。要配方施肥，在增施有机肥的基础上，增施磷钾肥和微肥，增强树势，防止枝梢徒长，使新梢抽发整齐，缩短病菌侵染时期，减轻病害发生程度。
提高品种抗性
红橘对褐斑病抗性较低，引起大量落花落果，严重时导致绝产。因此，要在防控褐斑病继续蔓延，保护好红橘种质资源的前提下，逐步更新红橘品种，通过嫁接抗性更高的品种以及培育转基因抗病品种等方法来防治褐斑病是最根本的措施，也是今后红橘褐斑病防治工作的重点研究方向。
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