叶枯病和斑枯病
这两种病害点片发生，但一旦发病，病情即迅速蔓延，造成的危害比较严重。主要为害叶片，叶片感病后变黄褐色，温度大时则病部腐烂，严重的沿叶脉向下侵染嫩茎到心叶，造成严重减产，因此对这两种病害要特别加以防治。这两种病害在我区为新病害，可能是种子带菌，所以我们采取以种子消毒为主的预防措施，方法是用“克菌丹”或“多菌灵”500倍液浸种10～15min，冲洗干净后播种。其次是加强管理，在扣棚初期湿度偏高时要注意放风排湿，发现病害要及时喷药防治，用多菌灵600～800倍液、代森锰锌600倍液、70%甲基托布津800～1000倍液、百菌清500倍液，两种以上混合使用效果更佳。
根腐病
多发于低洼、潮湿的地块，香菜根系发病后，主根呈黄褐或棕褐色，软腐，没有或几乎没有须根，用手一拔植株根系就断，地上部表现植株矮小，叶片枯黄，失去其商品性。防治方法是尽量避免在低洼地上种植，湿度不能长期过大。药剂防治以土壤处理为主，可用多菌灵1kg拌土50kg，播前撒于播种沟内，在易发病地块可结合浇水灌入重茬剂300倍液。因根腐病一般都在10月份冬前发病，所以应在扣棚前进行防治，主要用“普力克”500倍液或“多菌灵”600倍液灌根。
白粉病
芫荽植株地上部均可染病，但主要为害叶片、茎和花轴。先在近地面处叶片上发病，初现白色霉点，后在霉点上扩展为白色粉斑，生于叶两面;茎染病多发生在节部，条件适宜时，白粉状物迅速布满花器和果实，多由植株下部向上扩展，后期菌丝由白色转为淡褐色，病部产生许多黑色小粒点.即病原菌的子囊壳。
【防治方法】
①选育抗白粉病品种，加强棚室温湿度管理。
②采收后及时清除病残体，减少越冬菌源。
③发病初期，棚室可选用粉尘法或烟雾法。于傍晚喷撒10%多百粉尘剂，每667㎡1kg或施用45%百菌清烟剂，每667㎡250克，用暗火点燃熏一夜
④露地或棚室可选用30%特富灵可湿性粉剂1500～2000倍液或50%硫磺悬浮剂200～300倍液、2%武夷菌素水剂或2%农抗120水剂150倍液、15%三唑酮(粉锈宁)可湿性粉剂1500倍液、25%敌力脱乳油3000倍液、15%三唑酮(粉锈宁)可湿性粉剂2000倍液加25%敌力脱乳油4000倍液、40%福星乳油9000倍液，隔7～21天1次，连续防治2～3次。采收前7天停止用药。